功能系统分为觉察系统、认识系统、感受系统和运动系统。

丘脑分为许多核团，样脑分为许多核团（如基底核、下丘脑、杏仁核等）或功能区（如大脑皮质），丘脑、样本的核团或功能区都能独立发挥功能，而且在功能上，丘脑核团与样脑核团或功能区有着更为密切的联系，这种有着密切联系的丘脑核团与样脑核团或功能区构成具有完整功能的系统，称为功能系统，每个功能系统都能独立发挥功能，产出样本点亮丘觉产生意识。

觉察系统、认识系统、感受系统都与意识有关，三个功能系统都能独立产生意识，因此，意识也分为觉察、认识、感受三种。我们正常意识状态是多个意识并存并且相互作用，是产生心理活动的基础。

丘脑背内侧核与大脑前额叶、丘脑枕与大脑后部联络区不但先天有着非常密集的纤维联系，而且在功能上也是连成一体密不可分的，构成觉察系统和本义系统；丘脑前核等与下丘脑、杏仁核、扣带回，丘脑腹前核、腹外侧核与纹状体、小脑、大脑运动区也有着非常密集而复杂的纤维联系，分别构成感受系统和运动系统。