香港中文大学深圳研究院成立于2011年11月，香港中文大学深圳研究院是香港中文大学在深圳重要的科研、教育及产业合作的综合服务平台。研究院计划整合引入包括农业生物、生物医药、卫生检疫、网络编码、新材料新能源等香港中文大学优势学科项目，设立光电子技术与网络技术、环境保护与研究、生物与医学、多媒体互动娱乐等有关的重点研究中心，从技术创新和管理创新两方面重点配合深圳市三大新兴产业发展。

在深圳市政府的大力支持下，香港中文大学深圳研究院开始建设研究院大楼。香港中文大学深圳研究院大楼位于深圳市南山区高新区南区“深圳虚拟大学园国家大学科技园”内，大楼建筑面积25000平方米，地上建筑9层：1-3层设有大型演讲厅、培训课室，主要用于各类培训项目用地；4-6层设科研实验区及研究院综合办公厅，主要用于研究院科研基础建设；7-9层设入孵中小企业办公区域，主要用于孵化具备综合优势和发展潜力的中小企业。