巡抚衙门，是一个机构名称，指各省巡抚之办事机构。

清代各省巡抚衙门的情况，大体与总督衙门相类似，衙门内不置额定的朝廷命官而专用吏员，但有时也调用候补佐杂官员及武弁以临时任使， 然非定制。巡抚衙门之内部组织机构亦无定制，但其办事吏员也存在着专业分工。清末官制改革后，于光绪三十三年（1907）奏订各省官制通则，规定各省总督及巡抚衙门各设幕职佐理文牍，分科治事。其幕职员数、职掌为：设秘书员一人，承巡抚之命，掌理机密折电函牍，凡不属各科之事，皆隶之；设交涉科、吏科、民科、度支科、礼科、学科、军政科、法科、农工商科、邮传科，各科设参事员一人，承巡抚之命，就主管事务掌理各项文牍；秘书员、参事员不作为官缺，统由巡抚自行征辟，毋庸拘定官阶大小，每年将各员衔名及到差年月，分别奏咨存案；秘书员、参事员以下，应酌设助理及缮写等人员，均由巡抚酌定，毋庸奏咨。参见“总督衙门” 。