吴应琦，字景韩，号玉华，明代安徽桐城人。

明万历三十二年(1604)进士。由太常寺博士，提升监察御史，巡按云南。沐藩骄横，难以治理，应琦巡按属部，利用沐藩父子争夺权利的矛盾改封沐黔为国公，将印授予其子，两藩遂合一。吴应琦在云南兴修学宫、奖励教育。在此期间，他考察到当地每年要向朝廷贡金，苛税繁重，就此愤而上疏，请求朝廷免除贡金。他说：“庙廊之黄金五千，闾阎之白镪不下五万，自皇上御极四十三年，进金二十几万……滇地本不产金……，括之绝域，贡之上方，而使荒徼有卖子鬻女之惨。”应琦列举滇地百姓嚣悍易动的特点，上奏说：“百姓足，君孰不足?”要求朝廷按抚为主。后得到了朝廷的许可，免去了滇地的贡金。

应琦在云南兴利除弊，得到百姓的拥护。不久因父亲去世回归故里。守孝满，还朝时得总宪邹元标的信任，请授应琦为浙江道御史。吴巡视顺水、保和时，阉党互相警告说：“吴应琦刚正秉公，切莫在此期间违反法规行事。”应琦在迁大理寺少卿时，坚辞不就，在皇帝诏书一再催促下，勉强出任南大理寺卿。不久，仍辞官回家。卒于乡，时年82岁。